De acuerdo con el articulo 1 del estatuto orgánico de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, esta se considera la heredera de la Universidad Santo Tomas de Aquino, la cual fue fundada el 28 del mes de octubre en el año 1538 por orden de su Santidad el Papa Paulo III, en respuesta a la petición presentada por los Dominicos para ascender el estudio general que dirigían en Santo Domingo a la categoría de Universidad, esto se encuentra establecido en un documento denominado Bula In Apostolatus Culmine la cual convierte el estudio general de los dominicos en la universidad primada de américa de esta forma lo expresa su santidad en la bula.
Algunos de los momentos difíciles que ha atravesado la universidad al pasar de los años:
En el año 1801 como consecuencia de la ocupación haitiana al país, la Universidad interrumpió su funcionamiento, porque los Dominicos que la regenteaban abandonaron la colonia. Se reabrió en el año 1815, al volver la colonia a la soberanía española, pero a partir de entonces adopta el carácter laico.
Entre el 1815 y el 1821 funcionó bajo el rectorado del Dr. José Núñez de Cáceres. La Universidad vuelve a cerrar sus puertas en 1822 debido a que gran número de sus estudiantes fueron reclutados para el Servicio Militar por orden del régimen haitiano que gobernaba la nación. Con la consumación de la Independencia de la República en 1844, renace en los dominicanos la voluntad de restablecer la Universidad, símbolo de tradición cultural y el carácter propio de la nacionalidad recién adquirida.
Respondiendo a ese reclamo, el 16 de junio de 1859, el Presidente Pedro Santana promulgó una ley que restablecía la antigua Universidad de Santo Domingo, con una composición académica similar a la de las universidades medievales (cuatro facultades: Filosofía, Jurisprudencia, Ciencias Médicas y Sagradas Letras) y como una dependencia del gobierno central a través de la Dirección General de Instrucción Pública y del Secretariado de Estado correspondiente.
Pero por razones de las contingencias políticas, la citada disposición no se ejecutó y la Universidad no se reabrió. De aquí existe un debate sobre la continuidad de la universidad de Santo Domingo, para algunos historiadores tras la invasión haitiana desaparece la universidad de Santo Domingo como tal, caso similar al ocurrido con la Real y Pontificia universidad de México.
El 31 de diciembre de 1866, se creó, por decreto, el Instituto Profesional, que funcionó en lugar y en sustitución de la antigua Universidad de Santo Domingo.
El día 10 de mayo de 1891, el Instituto Profesional cerró sus puertas, hasta el día 16 de agosto de 1895, que reapareció bajo el rectorado del Arzobispo Meriño.
El 16 de noviembre de 1914, el presidente de la República, Dr. Ramón Báez, quien era también Rector del Instituto Profesional, transforma por decreto al Instituto Profesional, en Universidad de Santo Domingo.
Del 1916 hasta el 1924, la Universidad tuvo que interrumpir su funcionamiento como consecuencia de la intervención militar Norteamericana.
Durante los 31 años la tiranía del dictador Rafael Leonidas Trujillo Molina, la Universidad de Santo Domingo, como las demás instituciones del país, se vio privada de las libertades más elementales para el cumplimiento de su alta misión, llegando a convertirse en una instrumento de control político propagación de consignas totalitarias, ante cuyo perjuicios nada valieron los escasos progresos materiales que alcanzó la Institución en esos años de gobierno despótico, como fue la adquisición de terrenos y la construcción de la Ciudad Universitaria.
Autonomía de la UASD y El Fuero Universitario:
La Ley No.5778 del 31 de diciembre de 1961 dotó a la Universidad de Autonomía por el presidente Dr. Joaquín Balaguer. A partir de ese momento comenzó a debatirse por alcanzar el equilibrio institucional y un clima de convivencia que le permitiera desarrollar todas sus facultades creadoras. Pero después de tres décadas sometida a la voluntad férrea de un régimen contrario a toda forma de comunicación humana que no sirviera a sus intereses, fue incapaz, inicialmente, de utilizar la libertad y autogobierno recién adquiridos para desempeñar su misión de servicio para el mejoramiento cultural y económico de nuestro pueblo.
El 17 de febrero de 1962, se eligen las primeras autoridades bajo el régimen de la autonomía.
